Я был очень удивлен, что такой базовый функционал сломан из коробки. К счастью, это чинится легко, если вам не нужно переключение языка по Alt+Shift, т.к. именно оно мешает хоткею. Решение нашел случайно, настраивая gxneur, нужно сменить комбинацию в gconf на Super+Space:
gsettings set org.gnome.desktop.input-sources xkb-options "['grp:super_space_toggle,grp_led:scroll']"
Кстати, это же мешало ставить хоткеи Alt+Ctrl+Shift, определялось только Ctrl+Shift.
Статья из цикла “Переезд на Ubuntu 18.04”.